Srovnání ochrany očkováním a prodělaným covidem po věkových skupinách
Marek Lutonský, 5. prosince 2021
Mám zde k debatě tři nové výstupy. Myslím, že úplně poprvé ukazují, jak jsou na tom skutečně lidé, kteří prodělali covid, s pozitivitou, hospitalizacemi a JIP. Souhrnná čísla se objevovala už dřív, tady je to ale konečně po věkových kohortách a po přepočítání skupin na stejnou velikost, aby se daly porovnávat.
Nakažení
Hospitalizovaní
Hospitalizovaní na JIP
Spodní graf je pokaždé stejný jako horní, jen v něm není nešťastná skupina neočkovaných, kteří covid neprodělali. V horním grafu totiž svou výškou zaclánějí ostatním.
Ke grafům jsem došel trochu divokým výpočtem, u kterého vycházím z řady různých zdrojů. Podrobněji proto popíšu, jak jsem postupoval, aby případně někdo mohl objevit, že někde je chyba a takhle to nejde dělat.
Aktualizace 11. prosince 2021: Stejným způsobem připravené grafy ze tří týdnů mezi 18. listopadem až 8. prosince 2021. U hospitalizací na JIP jsou přepočtená čísla u některých skupin příliš nízká, neukazuji je proto už odděleně v druhém grafu.
Nakažení
Hospitalizovaní
Hospitalizovaní na JIP
Postup
Vycházím z nových datových sad, které zatím v jednorázovém ukázkovém exportu zveřejnil ÚZIS společně s MUNI. Základem mého výpočtu je soubor Denní přehled testů, prokázaných nákaz, hospitalizací a JIP.csv s následující strukturou. Ukazuji zde jen sloupce, se kterými počítám:
Na tohle jsme čekali. Je to první výstup, který po dnech a věkových skupinách rozlišuje lidi podle očkování a prodělané nákazy. Z toho mohu pro zvolený interval dat – v mém případě dva týdny od 16. do 30. listopadu – spočítat pozitivní, hospitalizace a JIP pro:
Očkované, kteří covid prodělali
Očkované, kteří neprodělali
Neočkované, kteří prodělali
Neočkované, kteří neprodělali
Protože každá skupina je jinak velká, nemá cenu ukazovat absolutní čísla. To se dělalo doposud, navíc jen jako souhrn bez věkových skupin – viz známé, ale bez kontextu zavádějící tweety pana Ondřeje Dostála. Pro porovnání je potřeba každou skupinu přepočítat na stejné měřítko, u nás nejčastěji na 100 tisíc lidí. Takže zbývá najít celkovou velikost těchto skupin.
Začínám tabulkou Osoby_nakaza.csv, rovněž z nových datových sad. Je to půlgigabajtový soubor, ve kterém má každý očkovaný svůj vlastní řádek. Je tady sloupec Poz_pred_ockovanim, který označuje očkované, kteří před tím byli pozitivní. Jeho prostřednictvím mohu zjistit celkovou velikost skupin 1 a 2.
Pro zjištění počtu neočkovaných, kteří covid prodělali, stahuji soubor Osoby.csvze základních datových sad Ministerstva zdravotnictví(je to hned druhá sada na stránce). Tam jsou zase po řádcích všichni oficiálně známí pozitivní a mohu zjistít jejich počty po věkových skupinách. Odečítám od nich počty zemřelých ze sady Umrti.csv. Tím získám počet žijících osob, které covid prodělaly.
Z výsledku odečtu už známý počet očkovaných, kteří covid prodělali(skupina 1), zůstanou mi tím neočkovaní, kteří prodělali.
Pro zjištění počtu neočkovaných, kteří covid neprodělali, si beru na pomoc celou populaci ČR. Od ní odečítám všechny tři předchozí skupiny(Očko Pro, Očko Nepro, Neočko Pro). Tím mi zůstanou neočkovaní, kteří covid neprodělali.
Když znám absolutní čísla pozitivních, hospitalizací a JIP pro každou skupinu a vedle toho velikost skupin, mohu vypočítat stav na 100 000 lidí.
Tady je pro zájemce pracovní Excel. V něm to ale celé nepočítám, půlgigabajtový soubor se šesti miliony očkovaných a další velké tabulky bych do něj asi ani nenačetl. Výpočty provádím v R, na závěr udělám export hotové tabulky a teprve s ní dál pracuji v Excelu.
U absolutních čísel se dívám se na období 16.–30. listopadu, velikost skupin očkovaných beru k 1. prosinci, neočkované ke 4. prosinci, data o počtu obyvatel ČR jsou k loňskému prosinci. Už tímto vzniká určitá menší chyba.
Očkováním se zde myslí ukončená druhá dávka(nebo první u jednodávkových vakcín).
Covid je v Česku rok a tři čtvrtě, imunita u lidí, kteří ho prodělali loni na jaře, bude určitě úplně jiná než u čerstvých infekcí. I tak jsou ale sloupce u reinfekcí velmi malé a ukazují, že prodělání covidu je zřejmě nadlouho velmi silná ochrana. S očkováním ještě silnější.
Rozhodně ale nelze zapomenout na to, že ve skupině Neočkovaní prodělali se hodně lidí potenciální reinfekce nedožilo. Ve věku 80+ je od začátku covidu smrtnost 19 %, u 75–79 let smrtnost 11 %, u 70–74 let smrtnost 7 %. A to čísla dost snižuje dnešní situace s vysoce infekční deltou(hodně nakažených), kdy je nejstarší věková skupina prakticky proočkovaná(mnohem méně těžkých případů).
Některá čísla jsou po přepočítání na 100 tisíc lidí velmi nízká. To je další místo, kde bych tohle kvůli možné chybě v grafu nejspíš vůbec neměl ukazovat.
Postup
"DateValue", "vek_kat", "Ukoncene_ockovani", "Drive_pozitivni", "Pocet_pozitivnich", "Pocet_nove_hosp", "Pocet_nove_JIP"Poznámky