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第4回RDF講習会 実習資料(2)
RDF利用のエコシステム
元データを用意する
RDFに変換する
URI の設計などを行う
必要に応じてオントロジーを作成する
データに内在する暗黙的なセマンティクスを明確にする
外部データへリンクする
元データの形式によっては変換のためのツールやサービスが利用可能
TogoWS
で主要公共データベースを RDF で取得する
http://togows.org/
TogoDB
で表形式のデータを RDF 化する
http://togodb.org/
D2RQ Mapper
で RDB のデータを RDF 化する
http://d2rq.dbcls.jp
トリプルストアに RDF データをロードする
SPARQL エンドポイントを公開する
データベースの管理を行う
負荷に応じてロードバランスなどを図る
SPARQL-proxy
を導入してセキュリティとパフォーマンスの改善を図る
https://github.com/dbcls/sparql-proxy
SPARQL を利用しやすい API を整備する
SPARQList
を用いて REST API で容易にアクセスできるようにする
https://github.com/dbcls/sparqlist
http://togogenome.org/sparqlist
http://togostanza.org/sparqlist
SPARQL の検索結果を利用する
d3sparql.js
や
MetaStanza
などを用いてウェブ上で可視化する
http://biohackathon.org/d3sparql/
Ajax で SPARQL 結果を可視化する JS
http://togostanza.org/dist/metastanza/
上記を汎用 TogoStanza にしたもの
TogoStanza
を用いて再利用可能な可視化モジュールを提供する
https://github.com/togostanza
Ruby 版は IFRAME を生成(サーバプロセス必要)
JavaScript 版は WebComponents を生成(サーバプロセス不要)
http://togostanza.org/
TogoStanza のショーケース
SPARQL によるアプリケーションを開発する
例:
TogoGenome
,
TogoVar
, MicrobeDB.jp, …
http://togogenome.org/
生物・ゲノム・環境・表現型情報を RDF で統合
https://togovar.biosciencedbc.jp/
日本人ゲノム変異の統合DB
:
データサイエンス
R/Python/Julia などでデータフレームとして解析する
機械学習など知識グラフからの予測・推論などに用いる
配布資料
Please turn on JavaScript to use Paper in all of its awesomeness. ^_^
RDF利用のエコシステム
配布資料